João Baptista Fernandes nasceu em 21/6/1919, filho de Dr. Francisco Rodrigues Fernandes, médico, e Rosalina da Cruz Fernandes, em Conquista, MG.
Cursou os dois primeiros anos primários no Grupo Escolar Estadual de sua cidade natal, o 3º e 4º no Ginásio Municipal Diocesano de Uberaba/MG, onde permaneceu até a 3ª série ginasial. As 4ª e 5ª séries foram cursadas no Ginásio do Rosário, em Porto Alegre, onde bacharelou-se em Ciências e Letras em 1935. Cursou o pré-universitário, Pré-Médico, no Colégio Júlio de Castilhos nos anos de 1936 e 1937. Graduou-se pela Faculdade de Medicina de Porto Alegre em 1943 como o primeiro aluno de sua turma, sendo agraciado com os prêmios Amélia Berchon Des Essarts e Raul Leite.
Durante todo seu curso de medicina, trabalhou como jornalista no Diário de Notícias, dos Diários Associados, como repórter, redator e tradutor. Como repórter, fez a cobertura do lançamento da pedra fundamental do Hospital de Clínicas de Porto Alegre.Como acadêmico, foi externo e interno da enfermaria da 4ª Cadeira de Clínica Médica, do Prof. Sarmento Leite Fº, sob a orientação direta do Prof. Manoel Madeira da Rosa, nos anos de 1941, 1942 e 1943.
Depois de formado, continuou como médico da mesma enfermaria. Ex-interno da Assistência Pública Municipal da Prefeitura de Porto Alegre. 2º Tenente Médico da Reserva do Quadro de Saúde da Aeronáutica, após prestar serviço no Hospital da Base Aérea de Canoas. Estágio de especialização em Cardiologia no Serviço do Prof. Ovídio Pires de Campos, sob orientação do Prof. Reynaldo Chiaverini, em 1946, na Santa Casa de Misericórdia de São Paulo. Estágio de especialização no Serviço de Eletrocardiografia do Prof. Alcides Marques Ayrosa, sob orientação do Prof. Augusto Mascarenhas, em 1946, na Santa Casa de Misericórdia de São Paulo.
Foi sócio da Sociedade Brasileira de Cardiologia desde 1945. Um dos 15 membros fundadores da Sociedade de Cardiologia do Rio Grande do Sul, em 1948, tendo sido seu Presidente em 1952 e 1958. Foi organizador e Professor da cadeira de Fisiologia da Faculdade de Odontologia da PUC/RS, a convite do Prof. Elias Cirne Lima. Título de Cardiologista pela Sociedade Brasileira de Cardiologia, pela Associação Médica Brasileira, pelo Conselho Federal de Medicina e pela Associação Médica do Rio Grande do Sul.
