Filho do ferroviário Eugênio Prolla e de Ema Mattos, o menino João Carlos nasceu em 24 de junho de 1935 em Cacequi. Era gêmeo de João Bosco, um dos cinco irmãos da família que se mudou para Santa Maria e, após, para Passo Fundo, onde João Carlos concluiu o ginásio. A seguir, na capital gaúcha, cursou o Científico no Colégio Rosário e, em 1954, foi aprovado nos vestibulares para a Faculdade de Medicina de Porto Alegre e para História Natural na Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS). Cursou os dois, mas concluiu integralmente somente Medicina.
Formado, começou a consolidar um vínculo profissional forte e duradouro com a Santa Casa de Misericórdia de Porto Alegre que perdurou até falecer aos 84 anos. Trabalhando nas enfermarias 29 e 38 do hospital, ligadas à Faculdade de Medicina, obteve bolsa de estudos para os Estados Unidos e fez especialização em Gastroenterologia no Departamento de Medicina Interna da Universidade de Chicago. O desenvolvimento da Medicina permitiu que ele se voltasse para a citopatologia frequentando o laboratório de Citologia daquela universidade, chegando a auxiliar a direção e ocupando os cargos de supervisor, professor assistente e professor associado do Departamento de Medicina da instituição.
Aperfeiçoou-se em citopatologia em Oxford na Inglaterra e no Laboratório de Citopatologia Dr. A. Meisels, no Canadá.
Professor da UFRGS desde os anos 1960, foi chefe do Departamento de Medicina Interna da Faculdade de Medicina e responsável pela Unidade de Cito patologia do Hospital de Clínicas.
A tese “Mortalidade por neoplasias associadas ao tabagismo no RS, de 1970 a 1989”, amparou o doutorado em Medicina, na área de Ciências Pneumológicas, pela UFRGS. Sua bagagem científica abarca a produção de artigos publicados em periódicos (142), livros (8), capítulos de livros (43) e trabalhos publicados em congressos. Em 2015, foi criado um evento para entrega de um prêmio para o melhor trabalho de conclusão dos Programas de Residência Médica em Oncologia Clínica e Radioterapia. Em terceira edição, o evento carrega o nome de Prêmio João Carlos Prolla.
Participou de várias bancas de conclusão de mestrado e doutorado e de orientações de dissertações de mestrado e doutorado.
Era especialista em Medicina Interna pela Associação Médica Brasileira (AMB), em Citopatologia pela Sociedade Brasileira de Citopatologia e Endoscopia Digestiva pela Sociedade Brasileira de Endoscopia Digestiva.
Foi membro da Academia Internacional de Citologia com sede na Suíça e do American College of Physicians (ACP- USA), além de ter integrado o corpo editorial do jornal de Pneumologia.
Entre seus títulos estão Professor Emérito da UFRGS, homenageado pelos professores e alunos da Pós Graduação da Medicina da UFRGS e Menção Honrosa 25 Anos HCPA.
Foi professor colaborador da UFCSPA, chefe da Unidade de Citopatologia do Hospital de Clínicas, responsável pelo setor de Citopatologia da Santa Casa e pesquisador do CNPq- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnologia.
Casado com Maria Prado, era pai do médico Gabriel e da veterinária Rachel, avô de quatro netos.
Ocupante da cadeira número 36, João Carlos Prolla faleceu em 3 de julho de 2019.
