Francisco de Castilhos Marques Pereira nasceu em 22 de setembro de 1906, em Porto Alegre, Rio Grande do Sul. Filho de João Baptista Marques Pereira e de Clara de Castilhos Marques Pereira. Foi aluno do Colégio Julio de Castilhos, de Porto Alegre, onde obteve toda sua formação pré-universitária. Cursou a Faculdade de Medicina da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, graduando-se em 1929, quando defendeu tese sobre “O Parasita da Tuberculose e o BCG”, obtendo o título de Doutor em Medicina. Esse trabalho outorgou-lhe o prêmio “Medalha de Ouro Osvaldo Cruz”. Ao longo do curso de medicina, foi monitor de histologia, interno do Instituto Pereira Filho e da Assistência Pública de Porto Alegre, atual Pronto Socorro Municipal.
Casou-se em 29 de julho de 1929 com Zilda Maria Fontoura Escobar, com quem teve sete filhos: Ruth Maria, João Pedro, Francisco, Sílvio Antônio, Clara Maria, Roque Antônio e Virgínia Maria.
Em 1930, médico recém formado, exerceu sua profissão na cidade de Boa Vista do Erechim, hoje Erechim. Em 1932, incorporou-se ao serviço de saúde da Brigada Militar do Estado do Rio Grande do Sul, no posto de 1º Tenente Médico, participando, ativamente da revolução do mesmo ano. Em 1933, mediante concurso público, obteve o título de Livre Docente da cadeira de Histologia e Embriologia, da UFRGS. Em 1938, foi promovido a Capitão Médico e nomeado Chefe do Laboratório de Pesquisas Médicas da Brigada Militar. Em 1945, foi promovido ao posto de Major Médico e nomeado diretor do Hospital Geral da Brigada Militar, de Porto Alegre, onde prestou relevantes serviços à comunidade integrante dessa força pública, granjeando inúmeros amigos. Nesse mesmo ano, prestou concurso para Professor Catedrático de Histologia e Embriologia da Faculdade de Medicina da UFRGS, quando apresentou e defendeu a tese intitulada “Do Condrioma Animal”, sendo nomeado em 1946.
No ano de 1948, fundou o Laboratório de Análises Clínicas Marques Pereira.
Promovido por merecimento ao posto de Tenente-Coronel Médico da Brigada Militar, foi designado Chefe do Serviço de Saúde da Instituição, cargo que exerceu até 1955, quando, a pedido, foi transferido para a reserva, no posto de Coronel Médico.
Durante sua vida universitária, além de participar de inúmeras bancas de exames e de concursos, sempre exerceu a função docente, em sala de aula. Publicou vários trabalhos, dentre os quais destacamos: “Arcabouço fibro-elástico do pulmão”; “Histoquímica”; “Leucobases e metacromasia” e “Histofisiologia do reticulócito”. Em 1964, foi eleito, por seus pares, Diretor da Faculdade de Medicina da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, sendo reeleito em 1968, exercendo dois mandatos consecutivos. Durante esse período, foi muito homenageado por seus colegas docentes, bem como demonstrou possuir grande habilidade na interação com os estudantes, em uma época de grande agitação política.
No ano de 1967, foi convidado a assumir a Secretaria dos Negócios de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, no governo de Walter Perachi de Barcellos.No período em que esteve à testa dessa Pasta, reestruturou o serviço, criando vários postos de saúde, em Porto Alegre e em municípios do interior do Rio Grande do Sul. Foi um período de grande atividade, não somente local, mas de estabelecimento e estreitamento de vínculos com os países do Mercosul.
Destacaram-se, durante sua gestão na Secretaria da Saúde, as seguintes ações de implantação e implementação de serviços:
Criação da Unidade de Planejamento, impulsionando a reforma administrativa Vigilância epidemiológica, conquistando a erradicação da varíola no Estado, em 1970;
Escola de Saúde Pública, com atividades de formação e treinamento de pessoal, através de cursos, em colaboração com a UFRGS;
Centro Médico Social São José do Murialdo, marco na experiência em saúde comunitária e no ensino de saúde pública;
Criação da Superintendência Médico-Sanitária, para coordenar atividades de saúde pública, destacando-se a coordenação de 274 unidades sanitárias;
Nutrição, com a colaboração da Organização Pan-Americana de Saúde, quando realizou-se levantamento antropométrico em crianças de 1 a 5 anos de idade, constituíndo-se em modelo para pesquisa de saúde, em nosso meio;
No Instituto de Pesquisas Biológicas (IPB), destacou-se a pesquisa e produção de vacinas antivariólica e anti-rábica, essa última considerada uma das melhores do Brasil;
Remodelação do Hospital Sanatório Partenon;
Criação do Novo Instituto de Cardiologia, graças a um convênio com a Fundação Universitária de Cardiologia e Faculdade Católica de Medicina, tornando-se uma Instituição destinada ao estudo, tratamento dos problemas cardio-vasculares e formação de especialistas na área;
Reformas parciais em vários setores do Hospital Psiquiátrico São Pedro e criação de 11 ambulatórios de saúde mental, 4 em Porto Alegre e os restantes, no interior do Estado.
Para a execução dessas tarefas, o Professor Marques Pereira percorreu 50.000 km, por todo o Rio Grande do Sul, em busca do apoio e participação da comunidade, na luta pela saúde. Realizou, também, viagens de estudos e participou de missões oficiais em programas de saúde pública, aos Estados Unidos, Canadá, Uruguai, Argentina e Peru. Proferiu inúmeras conferências sobre Ciências Básicas, Saúde Pública, Administração e Planejamento em Saúde Pública e Educação Sanitária. Recebeu várias condecorações e honrarias: Cidadão Honorário de Três de Maio (RS) e das cidades de New Orleans e Lake Charles, do Estado de Louisiana, Estados Unidos. Foi membro de diversas associações de classe: Associação Médica Brasileira (AMB), Associação Médica do Rio Grande do Sul, Associação Paulista de Medicina, Departamento de Patologia Clínica (em 1960, recebeu o título de Médico Patologista Clínico, exarado pela AMB) e membro fundador da Academia Sul-Riograndense de Medicina, sendo Patrono da cadeira nº 25.
As Qualidades Humanas e Técnicas de Francisco de Castilhos Marques Pereira estimularam iniciativas nos mais variados setores, contribuindo, de maneira decisiva, para a educação médica, ciência e saúde de nosso Estado.
Em suas horas de lazer, dedicava-se a ouvir música clássica e a viagens de automóvel, fazendo questão de dirigir seu carro. Refugiava-se, aos finais de semana, em sua residência de verão, na praia de Imbé.
Teve a felicidade de possuir e cultivar grandes amigos. Marido e pai carinhoso, tinha, pela família, um zelo extremado. Personalidade bondosa e agregadora, transmitiu aos seus filhos e discípulos a importância do trabalho, o cultivo da amizade e, sobretudo, respeito aos valores humanos.
Em 9 de julho de 1972, ainda no exercício da direção da Faculdade de Medicina, faleceu, na cidade do Rio de Janeiro, vítima de ruptura de aneurisma aórtico abdominal. Além da viúva e dos filhos, deixou 17 netos.